Xuất phát từ môn Sinh lí học thực vật, ngày nay Sinh học phát triển thực vật đã trở thành môn học độc lập. Đối tượng nghiên cứu của Sinh học phát triển thực vật là quá trình phát sinh hình thái (phát triển) theo chu trình sống của cá thể (phát triển cá thể) thực vật. Quá trình phát triển cá thể bắt đầu từ hợp tử đến khi già và chết tự nhiên, kết thúc chu trình sống của cá thể thực vật. Đó là chuỗi những quá trình phức tạp biểu hiện thông tin di truyền đã được chương trình hoá trong bộ gen của mỗi tế bào. Bắt đầu từ quá trình biểu hiện gen làm xuất hiện chu trình trao đổi chất dẫn đến sự phát sinh hình thái tương ứng với các chức năng sinh lí. Sinh học phát triển nghiên cứu tất cả các quá trình dẫn tới sự phát sinh các cấu trúc sống ở các mức độ tổ chức khác nhau : phân tử, tế bào, mô, cơ quan và toàn bộ cơ thể. Tất cả các quá trình đó được điều tiết nhịp nhàng dưới sự kiểm tra di truyền trong mối tương tác với các tác nhân ngoại cảnh. Để nghiên cứu các quy luật phát sinh hình thái, Sinh học phát triển theo dõi tiến trình và cơ chế điều tiết quá trình đó. Xuất phát từ các tỉnh trạng kiểu hình (cấu trúc hình thái) đi ngược theo quá trình biểu hiện gen nhằm tìm ra kiểu gen mã hoá kiểu hình đó và các cơ chế điều tiết liên quan (điều tiết biểu hiện gen, điều tiết màng, quá trình truyền tín hiệu, điều tiết mối liên hệ giữa các tế bào trong mô, giữa các mô của cơ quan và giữa các cơ quan trọng cơ thể nguyên vẹn và sự điều tiết giữa các quá trình đó trong cơ thể với sự tác động của các tác nhân ngoại cảnh). Môn Sinh học phát triển thực vật liên quan với các môn học khác về thực vật như Hình thái học, Sinh lí học, Sinh thái học, Di truyền tế bào học và Sinh học phân tử. Như vậy môn Sinh học phát triển thực vật mang đặc trưng tổng hợp, khái quát số liệu của nhiều môn học khác. Ngoài ra Sinh học phát triển thực vật còn liên quan với môn Tiến hoá vốn cũng mang đặc trưng tổng hợp. Khi nghiên cứu quá trình phát triển của một đối tượng thực vật nhất thiết phải biết vị trí của nó trên thang tiến hoá của giới Thực vật, nghĩa là nghiên cứu phát triển cá thể trong mối quan hệ với phát sinh chủng loại. Là một môn học mang tính tổng hợp khái quát, Sinh học phát triển thực vật đồng thời là môn học thực nghiệm sử dụng các phương pháp nghiên cứu của nhiều môn học khác, đặc biệt là các phương pháp của môn Di truyền học thực vật như sử dụng thể đột biến, phân tích di truyền, lai in situ (lai tại chỗ) cũng như các phương pháp hiện đại của Sinh học phân tử, Hoá sinh học. Mục tiêu của môn Sinh học phát triển thực vật là phục vụ trực tiếp cho ngành trồng trọt trong nông nghiệp, lâm nghiệp, nghề làm vườn trồng cây lấy quả, cây cả